Audit dilakukan oleh auditor yang ditunjuk Lembaga Penjaminan Mutu (LJM). Untuk audit pada Oktober dan Februari lalu, auditor adalah Broto Santoso, S.F., Apt., M.Sc., Dr. Indah Pratiwi, S.T., M.T., Drs. Wiyadi M.M., Ph.D., dan Dr. Kuswaji Dwi Priyono, M.Si.
Hasil dari audit didapati bahwa Fakultas Agama Islam mendapatkan nilai Indeks Efektifitas Anggaran sebesar 88,7 dan Nilai Indeks Keterlaksanaan sebesar 90,0. Nilai ini menunjukkan bahwa Fakultas Agama Islam telah melakukan kinerja yang luar biasa baik dalam memenuhi kewajibannya. Fakultas Agama Islam mendapatkan capaian yang sangat baik sebagai hasil kerja keras pihak-pihak yang terlibat dalam proses berbagai kegiatan.
Berbagai masukan dari pemangku kepentingan juga telah diakomodir oleh Fakulas Agama Islam dan di bawa ke dalam Rapat Tinjauan Manajemen untuk ditindaklanjuti. Hal ini merupakan bagian dari usaha Faklultas untuk selalu menjaga mutu dan memenuhi harapan para pemangku kepentingannya.