Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Surakarta adalah lembaga pendidikan tinggi di bawah persyarikatan Muhammadiyah. Berdiri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0330/0/1981 tanggal 24 Oktober 1981 sebagai perubahan bentuk dari IKIP Muhammadiyah Surakarta. Pada tahun 1979, Drs. H. Mohamad Djazman, Rektor IKIP Muhammadiyah Surakarta saat itu, memprakarsai berdirinya Universitas Muhammadiyah Surakarta dengan menggabungkan IKIP Muhammadiyah Surakarta dengan IAIM Surakarta. Prakarsa tersebut kemudian terwujud dengan turunnya SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 0330/0/1981 tanggal 24 Oktober 1981.

IAIM (Institut Agama Islam Muhammadiyah) Surakarta memiliki dua fakultas, yaitu Fakultas Tarbiyah, jurusan Pendidikan Agama Islam, dan Fakultas Ushuluddin jurusan Perbandingan Agama. pada tahun 1983 Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Ushuluddin digabung menjadi Fakultas Ilmu-ilmu Agama Islam (FIAI) dengan Jurusan Tarbiyah (Pendidikan Agama Islam) dan Jurusan Ushuluddin (Perbandingan Agama). Mulai tahun 1985 FIAI menambah satu jurusan baru yaitu Jurusan Syariah (Muamalah Jinayat).

Mulai tahun 1995 pengabungan Fakultas Tarbiyah, Ushuluddin dan Syariah dikukuhkan secara resmi oleh negara dengan SK Menteri Agama No 136 tahun 1995 dengan nama Fakultas Agama Islam (FAI), dengan Jurusan Pendidikan Agama Islam (Tarbiyah), Muamalah Jinayah (Syariah) dan Perbandingan Agama (Ushuluddin).

Mulai tahun 2014 FAI UMS membuka Jurusan (program studi ) baru yaitu Program Studi Ilmui al-Quran dan Tafsir menggantikan Prodi Perbandingan Agama yang dari waktu ke waktu mengalami penurunan peminat.

Mulai tahun 2018/2019 terjadi proses peralihaan pengelolaan Program Pascasarjana, baik S2 (Magister) maupun S3 (Doktor) secara bertahap  dari Sekolah Pascasarjana UMS ke Fakultas-fakultas, termasuk Fakultas Agama Islam, dan pengelolaan penuh oleh Fakultas diprogramkan pada tahun 2021.

Oleh karena itu, saat ini Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Surakarta mengelola 6 Program Studi yaitu: Program Studi S1 : (1) Pendidikan Agama Islam (PAI) terakreditasi A, (2) Hukum Ekonomi Syariah, terakreditasi A, dan Ilmu al-Quran dan Tafsir, terakreditasi B,  Program Studi S2 : (1) Magister Pendidikan Agama Islam (MPAI) terakreditasi A, (2) Magister Hukum Ekonomi Syariah (MAHES), terakreditasi A, dan Program S3 : Program Doktor Pendidikan Agama Islam (DPAI), terakreditasi B.